上一部结尾，尼奥（基努·里维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们热烈的欢迎。此时，“母体”系统决定“摧毁”锡安基地，于是，无数的电子乌贼开始向锡安进攻。尼奥为了拯救锡安，必须进入“母体”，与其中的邪恶势力展开一场惊心动魄的战斗。同时，尼奥也将面对自己内心的困惑和挣扎。